Vergi inceleme süreçleriyle ilgili bazı değişiklikler yapıldı:

VERGİ müfettişlerince yapılan vergi  incelemelerinde uyulacak esaslar Vergi Usul Kanununun 140. Maddesinde belirtilmiştir. Bunlardan birisi de;  inceleme sonucunda düzenlenen  raporların işleme konulmadan önce rapor değerlendirme  komisyonlarınca mevzuata uygunluk yönünden değerlendirilmesiyle ilgilidir. Diğer taraftan,  aynı Kanunun 141. Maddesi uyarınca, inceleme sırasında  vergilendirmeye yönelik olaylar ve hesap durumları tutanakla tespit edilmekte, mükelleflerin konuyla ilgili itiraz veya görüşleri de bu tutanağa alınmaktadır. 140. Maddenin son fıkrasına istinaden; vergi incelemelerinde uyulacak diğer usul ve esaslar “Vergi İncelemelerinde Uyulacak Usul ve Esaslar Hakkında Yönetmelik”te, rapor değerlendirme komisyonları ile ilgili hususlar ise “Rapor Değerlendirme Komisyonlarının Oluşturulması ile Çalışma Usul ve Esasları Hakkında Yönetmelik” te belirtilmiştir.
25 Ekim 2016 tarihli Resmi Gazete’de yayımlanan değişiklik yönetmelikleri ile her iki yönetmelikte bazı değişiklikler yapılmıştır. Bunlardan bazılarını kısaca aşağıdaki şekilde özetleyebiliriz:
Müfettişler, sadece inceleme görev yazısında belirtilen konu ve dönemle sınırlı olarak inceleme yapacak, inceleme konusu ve dönemi dışındaki hususlarda mükelleften bilgi ve belge talebinde bulunamayacaktır. Ancak, inceleme konusu dışında bir konu ya da dönemle ilgili eleştirilecek bir husus görülürse bu durum müfettişlerce inceleme görevi verenlere bildirilecektir.
İnceleme sırasında düzenlenecek tutanakların taslakları, mükelleflerin itiraz ve mülahazalarının tutanağa geçirilebilmesini sağlamak amacıyla, mükelleflerin talep etmesi durumunda iki gün önceden mükelleflerin bilgisine sunulacaktır. Şimdiye kadar taslakların bu şekilde önceden verilmesi zorunlu değildi. Böylelikle, mükellefe olası bir cezalı tarhiyat öncesi konuyla ilgili itiraz ve görüşlerini hazırlama imkanı sağlamıştır.
Mükellefin inceleme esnasında ileri sürdüğü ve tutanakta yer alan itiraz ve mülahazaları ile bunlara ilişkin ayrıntılı değerlendirmelere müfettişlerce düzenlenen vergi inceleme raporunun eleştirilen hususlar bölümünde yer verilecektir.
Mükellefler, inceleme raporlarını okuyacak olan rapor değerlendirme komisyonlarında dinlenme talep edebilmektedir. Böyle bir talebin olup olmadığı inceleme tutanağında belirtilmesi zorunluluğu getirilmiştir. Mükellefe, dinlenmeden önce raporlarda eleştiri konusu yapılan hususlar hakkında bilgi içeren rapor özetleri verilecektir. Şimdiye kadar, böyle bir özet mükelleflere  verilmediğinden mükellefler komisyona  hangi konularda ve hangi gerekçelerle eleştiri yönünde rapor düzenlendiğini tam olarak bilmeden katılmaktaydı.
İnceleme sırasında tespit edilen ve eleştiri gerektiren bir hususun diğer vergisel işlemlerin düzeltilmesini de gerektirdiği durumlarda bu işlemlere ilişkin düzeltme önerilerine vergi inceleme raporlarında yer verilecektir. Düzeltme farklı bir mükellefle ilgili ise bu durum inceleme görevi verenlere bildirilecektir.
Yapılan vergi incelemesi sonucunda, inceleme konusu ve dönemine ilişkin eleştiriyi gerektirecek herhangi bir hususun tespit edilememesi halinde bu durum ilgili birim tarafından mükellefe yazı ile bildirilecektir.
İnceleme için mükelleflerin defter ve belgeleri yazılı olarak istenmekte ve tutanakla teslim alınmaktadır. Bu yazıda; ibrazı istenen defter ve belgelerin, 15 günden az olmamak üzere ibraz süresinin ve ibraz yerinin ile ibraz edilmemesi halinde uygulanacak müeyyidelerin belirtileceği yönünde değişiklikler yapılmıştır.
Vergi inceleme ve denetim birimleri,  inceleme ile ilgili bildirimleri elektronik ortam ve bilgi iletişim araçları kullanarak yaptırmaya yetkili kılınmıştır.